Indiana Jones ezúttal részben személyes okokból hagyja ott tanári szobáját és csatolja fel ostorát. Hírt kap arról, hogy édesapját - akinek az árnyékából számos kaland, eredmény és tudományos elismerés után sem volt még képes kilépni - elraboltak: Kiderül, hogy idősebb Jones professzor a nácik fogságában van. A németek tudják, hogy Jones titkos naplója segíthet nekik közelebb kerülni a hőn áhított ereklye, a Szent Grál lelőhelyéhez, amely a legenda szerint az örök élet kulcsa.